由5世紀的中國南北朝時代，南朝齊的第2代皇帝齊武帝次子蕭子良編輯而成。據傳是由弘法大師空海傳入日本，傳至毘沙門堂的則是鐮倉時代的抄寫本。有楷書、行書、草書和隸書等現行漢字字體，若為上述字體以外各式各樣的字體則稱之為「雜體書」，可以看到許多非常奔放的字體。雖說是抄寫本，但字跡也十分出眾，即使是無法直接看懂，以圖繪代表文字的「仙人書」，也是充滿特色，讀來十分有趣。

重要的佛教經書「涅槃經」的注解書，由中國唐朝的韋諗撰述而成。在唐朝撰述而成之後，於奈良時代傳入日本，聖武天皇時代抄寫的經文版本原有三十卷，但現存僅剩六卷，毘沙門堂收藏其中一卷。毘沙門堂除了收藏經書的經樓外，另有眾多倉庫。現在的經樓則是祀奉千手觀音為主佛的佛堂，位在由北政所寄贈，祀奉不老長壽神明弁財天的弁天堂的前方。從本堂的後方往弁天堂的方向望去的紅葉相當漂亮，是拍攝婚紗照的熱門景點。

洞院公定是日本南北朝時代(14世紀)的公卿，一路晉升到常設官職最高位置的左大臣。因收集各家族譜，編撰「尊卑分脈」而聞名。這本日記則是天皇家分裂為南北朝，並將各地諸侯捲入其中的南北朝動亂的時代，可以用來了解當時情勢的珍貴文件。
在洞院公定生存的時代，毘沙門堂並非位於山科，而是在御所的東北方。爾後因京都戰亂(應仁之亂)而遭受毀損，江戶時代初期(17世紀)才遷移至現今的所在地。雖然是歷代住持多為皇族出身的名門寺院，但位在山科深處的毘沙門堂也是靜謐的寺院，擁有本殿、靈殿和宸殿等，是可以感受莊嚴肅穆和內心平靜的寺院。